Это вы из гордости так говорите...
Лейтмотив фильма – тема веры. Эта реплика, прозвучавшая в фильме «Сталкер» в ответ на брезгливое «как это все срамно — унижаться, сопли распускать, молиться...», воспринимается как знаковая, определяющая героя с христианским мировоззрением.
Спор о вере и свободе в «Сталкере» можно назвать центральным, и он напрямую отсылает к поэме Достоевского «Великий инквизитор». В этом диалоге Писатель выступает как аналог Инквизитора. Он сомневается в самой сути желания человека: «Откуда мне знать, что на самом-то деле я не хочу того, чего я хочу?». И в готовности людей к истине и свободе: «Разве люди готовы узнать то, что он хочет попросить им донести? Они только жрут». Он обвиняет Сталкера в том, что тот, как Инквизитор, присвоил себе власть решать, кому достучаться до Комнаты, кому жить, а кому умирать. Сталкер в этом споре представляет позицию Христа из поэмы.
Он предлагает людям чудо и надежду, но не навязывает их, оставляя за человеком свободу выбора. Его отчаянный крик: «Зачем же вы уничтожаете веру?» — это ответ на цинизм Инквизитора. Для Сталкера вера — это «последнее, что осталось у людей», единственное спасение в мире, где «орган, которым верят, атрофировался». Отношение к вере в России во времена Достоевского было противоречивым: кризис веры в образованном обществе, распространение нигилизма и атеизма. Вера переставала быть данностью и становилась личным выбором, полным мучений. Тарковский визуализирует и развивает ключевые метафоры Достоевского.
Тема мук совести раскрывается через притчу Писателя о Дикобразе, который тоже искал Комнату, «желая» вернуть брата. Но проблема в том, что магическое место исполняет только сокровенные желания. Вместо брата Дикобраз получил деньги, о которых мечтал больше. После этого совесть его замучила, он покончил с собой. Дмитрий Карамазов тоже страдал совестью, но он узнал «что не только жить подлецом невозможно, но и умирать подлецом невозможно... Нет, господа, умирать надо честно!».
Вагонетка, на которой герои едут в Зону, уподобляется гоголевской «птице-тройке» из «Мертвых душ», которую Достоевский использовал как символ загадочной русской души. У Тарковского машина движется под крестом, который специально освещается в кадре, контрастируя с буро-белым фоном. Он находится впереди во время нахождения «в миру». На моменте, когда путники приезжают в Зону, кадр выстроен так, будто вагонетка столкнулась с крестом, роль которого выполняет покосившийся столб.
Зона с ее прямыми линиями и кругами, где «каждый выбор влияет на жизнь», становится аналогом библейского пути — строгого, полного опасностей и требующего смирения. Если присмотреться к зданию, в котором находится цель героев, Комната, можно увидеть явно неслучайную схожесть с православным храмом. И когда путники из коридора смерти переходят в это здание, им необходимо пройти через погружение в воду. В «Братьях Карамазовых» тоже много библейских сюжетов: искуситель в пустыне, книга Иова, житие святого Зосимы и другие.
Памятник Достоевскому в Москве у библиотеки имени Ленина напомнил, если не считать бороды, Писателя, сидящего на краю круглого резервуара во время своего исповедального монолога. Возможно, хорошо знавший фильмы Тарковского скульптор Александр Рукавишников подсознательно уловил сходство Писателя с Достоевским, и образ проявился при работе над памятником.

В момент ключевого монолога о вере Сталкер лежит на полу. В квартире Парфена Рогожина из романа Достоевского «Идиот» висит картина, от которой «может пропасть вера». На ней изображено тело Иисуса, но оно не обожествлено. Оно обычное. Здесь сходство в позе человека: на картине и в кадре, и в смысле, который заложен в этом символе.

Хотя фильм базируется на повести «Пикник на обочине», написанной братьями Стругацкими, Тарковский выразил намного больше идей Ф. Достоевского.
Финальный монолог жены Сталкера «Что горя будет много, но лучше счастье. Если бы не было горя, не было бы счастья и надежды» является прямым ответом и продолжением христианской философии Достоевского, утверждающей, что смысл и очищение рождаются именно через страдание и веру.
Достоевский глубоко размышлял, особенно в «Братьях Карамазовых» и «Преступлении и наказании», о загадочной природе человеческих мыслей и о том, как они проявляются в реальности. Дмитрий Карамазов, например, не мог выразить свои самые глубинные побуждения. Иван, напротив, считал, что способен их осознать, но в итоге утратил контроль над собой. Алеша, пожалуй, ближе всех подошёл к пониманию собственной души и пытался действовать исходя из этого понимания.
Эта тема — невозможность или страх столкнуться с самыми сокровенными желаниями — лежит в самом центре «Сталкера». Герои фильма, как и герои Достоевского, не готовы принять то, что может открыть им Зона: правду о себе. Их внутренняя борьба не столько с внешним миром, сколько с собственной совестью и верой.